Sudáfrica cuenta con más de 20.000 plantas diferentes, que representan cerca del 10% de todas las especies conocidas del mundo, por lo que es considerada un área particularmente rica en biodiversidad vegetal.
El bioma prevalente en el país es la pradera, especialmente en el Highveld, donde la flora predominante son los pastos, los arbustos bajos y las acacias, principalmente las de espina blanca y camel. La vegetación es más escasa hacia el noroeste, debido a las bajas precipitaciones de lluvia.
Sudáfrica es uno de los países más afectados por la invasión de especies foráneas (por ejemplo la Acacia mearnsii, Port Jackson, Hakea, Lantana y Jacarandá) que son una gran amenaza a la biodiversidad nativa y la actual escasez de recursos hídricos. El bosque templado original que encontraron los primeros europeos que se establecieron en este país, fue explotado despiadadamente hasta que sólo quedaron unas pocas y pequeñas áreas. Actualmente los árboles de maderas nobles en Sudáfrica como el Podocarpus latifolius, el Ocotea bullata y el Olea laurifolia se encuentran bajo protección gubernamental.
Finalmente, en la costa del Índico se encuentran varios enclaves de manglar de África austral.
Se espera que el cambio climático conlleve un incremento en el calentamiento y la sequedad de forma considerable para esta región que ya es semi-árida, con mayor frecuencia e intensidad de eventos climáticos extremos, como olas de calor, inundaciones y sequías. De acuerdo a los modelos computacionales realizados por el Instituto de Biodiversidad Nacional de Sudáfrica (SANBI, por sus siglas en inglés) (junto con muchas de sus instituciones asociadas), algunas partes de África del sur verán un incremento en su temperatura de cerca de 1 °C a lo largo de la costa, que podrá llegar a superar los 4 °C en las ya calurosas tierras interiores, como en Cabo del Norte a fines de la primavera y el verano del año 2050.
El Reino Floral del Cabo ha sido identificado como uno de los puntos más sensibles de la biodiversidad sudafricana, ya que será seriamente afectado por el cambio climático y cuenta con una enorme diversidad de vida. Las sequías, el aumento de la intensidad y la frecuencia de los incendios y el incremento de la temperatura llevarán a la extinción de muchas de estas especies exóticas. El libro Scorched: South Africa's changing climate utiliza gran parte del modelo realizado por la SANBI y presenta una recopilación de ensayos de estilo narración de viajes.
Sudáfrica alberga muchas especies animales endémicas, como el conejo ribereño que se encuentra en peligro crítico de extinción en el Karoo.
